En cette fin janvier, nous voyons fleurir les estimations de la létalité du Covid19. Mais pour faire des estimations de la létalité il faut d’abord estimer le dénominateur.
Article adapté d’un thread Twitter – en savoir plus
#coronavirus #Wuhan Il y a un petit mot que les “experts” les journalistes et les commentateurs ont tendance à oublier quand ils parlent des cas d’infections à coronavirus: “Il y a XX cas d’infections à coronavirus”. Ce petit mot est “connus” > il y a XX cas CONNUS.
C’est un petit mot qui change tout car ça change le DENOMINATEUR sur la base duquel on prétend évaluer la gravité potentielle d’une épidémie: il y a X% de décès (décès sur cas ou infections totaux), Y% de cas graves (cas graves sur cas ou infections totaux.
Or, à ce stade, on devrait être en capacité de savoir que les infections respiratoires humaines en général ont tout un spectre de manifestations cliniques qui vont de rien du tout (pas de symptômes) aux complications graves et au décès.
Ce n’est pas la première fois, très loin s’en faut, qu’on nous fait le coup et il semble que les journalistes et les experts aient la mémoire très très courte.
J’écrivais il y a quelques années, dans un article non publié que la même chose s’était produite pour le virus H5N1. Des chercheurs avaient eu l’idée originale de tester la sérologie des populations concernées et avaient trouvé que jusqu’à 7% de la population rurale avait été infectée alors qu’officiellement seuls quelques centaines de cas étaient répertoriés sur la base desquels on avait calculé la létalité, qui semblait alors très élevée.
Une controverse s’en suivit. Mais la réalité est celle-ci: un rhume ressemble à un autre rhume, il y a des dizaines de millions de rhumes en France chaque année. Quant à ceux qui sont infectés mais ne sont même pas enrhumés… (on parle alors de formes asymptomatiques).
Concernant le H5N1 une méta-analyse avait été effectuée en 2012 concernant la séroprévalence du virus. Elle avait montré une prévalence des anticorps (personnes infectées) de 1 à 2% . À l’échelle mondiale cela équivaut à 70 à 140 millions de personnes. (science.sciencemag.org/content/335/60…)
Les coronavirus sont une famille de virus régulièrement surveillée par l’institut Pasteur dans le cadre de la surveillance des maladies respiratoires. Les virus retrouvés chez l’homme ont probablement transité par l’animal il y a plus ou moins longtemps (pasteur.fr/fr/file/29356/…)
C’est aussi le cas, on le sait, pour le virus de la grippe.
A l’heure actuelle il y a peut-être 10 000 personnes, peut-être un million, qui ont déjà été contaminées par ce virus ou apparenté.
Le critère de gravité de ce type de pathologies ne peut être la proportion de cas CONNUS qui décèdent, mais devrait être plutôt l’état de santé des personnes qui décèdent.
En effet, si l’état de santé des personnes qui décèdent est généralement très dégradé, cela peut être considéré comme un indicateur de bénignité de l’infection, puisque l’on sait que des infections habituellement bénignes peuvent être fatales pour des personnes dont l’état de santé est très dégradé.
A ce titre les informations qu’on peut glaner sont tout à fait rassurantes. (pasteur.fr/fr/centre-medi…)
So: DON’T PANIC
Twitter est un réseau social qui permet à l’utilisateur d’envoyer des messages courts (tweets) n’excédant pas 280 caractères (ce qui explique l’emploi fréquent d’abréviations). Un thread Twitter est une série de tweets qui se succèdent, émis par un même auteur pour former un contenu plus long. L’auteur peut d’ailleurs numéroter chaque tweet pour les ordonner. Cet article est une reprise sous format blog d’un thread Twitter dont voici l’origine :
1 commentaire
La létalité est comme vous le montrez une notion très volatile comme le dénominateur qu’il est particulièrement difficile de préciser . En ce qui concerne la létalité de la Covid 19, les publications provenant de Corée du sud, au début de l’épidémie l’évaluaient à 0,5%, car ils avaient pratiqué massivement des tests de dépistage, objectivant un nombre important de personnes paucisymptomatiques. Certaines publications comparent les létalités respectives de la grippe saisonnière et de la Covid 19 et les considérant très proches concluent à la même gravité de ces épidémies . Or peu de personnes sont testées en ca de grippe saisonnière et la mortalité est calculée en faisant la différence entre la mortalité attendue et la mortalité constatée. Si l’on veut comparer l’importance d’une pandémie concernant son retentissement pour la santé publique , la létalité est un mauvais comparateur . Comme pour toute pathologie, ce qui importe, c’est le taux de mortalité pour 100 000 personnes , par an en taux brut ou en taux standardisé. Ainsi le dépistage organisé du cancer du sein a fait chuter la létalité de ce cancer du fait de l’avance au diagnostic et de l’augmentation des surdiagnostics, sans avoir démontré une baisse de la mortalité ; en revanche le taux de mortalité par cancer du col en France a chuté de moitié en 30 ans, en partie en raison du dépistage par frottis, alors que la létalité du cancer du col s’est accrue en raison des formes graves qui échappent au dépistage des dysplasies, soit parce que les femmes n’ont pas été dépistées, soit parce que les formes les plus agressives échappent au dépistage . Si l’on veut mesurer l’impact sur la mortalité d’une pathologie il faut comparer des chiffres qui reposent sur le même mode de calcul : on connait quoique approximativement le nombre de décès attribuables à la maladie ou l’infection et surtout le nombres de personnes concernées: la population d’un pays ou d’une classe d’âge ; on peut en outre standardiser par rapport à une année donnée ou à un ensemble géographique comme l’Europe . Quand nous aurons tous ces éléments, il sera pertinent de comparer les taux respectifs de mortalité attribuables à la grippe et ceux attribuables à la Covid 19, loin des discussions byzantines dépourvues de précision concernant les taux de létalité .